W roku szkolnym 1989/1990 eksperymentalnie przyjęto nowy system oceniania (rozszerzona skala od 1 do 6), a w roku następnym wprowadzono j. angielski jako obowiązkowy przedmiot nauczania w kl. V. Lekcje religii powróciły do Szkoły jako przedmiot nieobowiązkowy, a uczniowie, za zgodą rodziców, mogli brać w nich udział. 08.12.1989 roku na zebraniu Komitetu Rodzicielskiego zapadła decyzja o zawieszeniu krzyży w salach lekcyjnych.
Rok szkolny 1991/1992 był rokiem bardzo ważnym dla całej społeczności szkolnej z dwóch powodów. Po pierwsze minęło 20 lat pracy Szkoły w nowym budynku. Po raz pierwszy swoją działalność rozpoczęła Rada Szkoły, do której z Rady Pedagogicznej wybrano: U. Mazur, M. Bromblik, L. Adamczyk, B. Stolczyk, B. Nowak.
Drugim powodem wyjątkowości owego roku był dzień 17 II, kiedy to odbył się konkurs na nowego Dyrektora Szkoły. Została nim p. Barbara Nowak. Na stanowisko wicedyrektora Szkoły została powołana p. Urszula Mazur.
Rok później p. dyrektor B. Nowak powołała sekcje przedmiotowe: nauczania początkowego (przewodnicząca – E. Wikar), filologiczno – humanistyczną (H. Osieka), matematyczno – przyrodniczą (B. Prucia), kultury fizycznej (B. Stolczyk) oraz stałe Komisje Rady Pedagogicznej: Komisję Prawa Szkolnego (L. Adamczyk), Komisję ds. Wychowawczych (A. Pyzik), Komisję Wnioskowo – Skrutacyjną (M. Klacza) oraz Komisję ds. Imprez i Uroczystości Szkolnych (A. Grabowska).
Opracowano wówczas pierwszy Statut Szkoły, nowy Regulamin Rady Pedagogicznej oraz nowy Regulamin Komitetu Rodzicielskiego.
W tym samym czasie na terenie Szkoły odbył się kilkudniowy strajk nauczycieli w obronie polskiej oświaty.
W roku szkolnym 1993/1994 po raz kolejny miała miejsce wizytacja Szkoły, w wyniku której potwierdziła się wysoka lokata naszej placówki wśród nowohuckich szkół. W tym samym czasie p. dyrektor B. Nowak powołała Ogólnoszkolną Komisję Innowacyjną, w skład której wchodziły wytypowane osoby z poszczególnych sekcji. Powołano również funkcję drugiego wychowawcy. Do planu pracy Szkoły włączono program wychowania prorodzinnego, które poprowadziła p. A. Pyzik. Pani M. Garstka z kolei opracowała i wprowadziła do realizacji program „Edukacja ekologiczna i prozdrowotna”.
Szkoła otrzymała pochwałę za przeprowadzenie eksperymentu zatytułowanego „Czas przemian” pod kierunkiem p. A. Pyzik. Warto dodać, iż w tym samym roku szkolnym powstała mała pracownia komputerowa (zaplecze s. 9), której opiekunem został p. R. Mulka.
Dnia 23. 02. 1993 roku odbyła się w naszej Szkole Rejonowa Olimpiada Historyczna.
Kolejny rok szkolny zaznaczył swą obecność w historii naszej Szkoły między innymi nawiązaniem współpracy z Uniwersytetem Jagiellońskim. Uczniowie mieli okazję uczestniczenia w wykładach z fizyki i geografii organizowanych przez Towarzystwo Naukowe UJ. Było to dla nich wyjątkowym przeżyciem i niezapomnianą przygodą.
W tym samy roku szkolnym odbył się w naszej placówce Dzielnicowy Konkurs Techniczny oraz niezwykle ważna dla nas uroczystość, mianowicie Święto Szkoły, tym razem o tematyce ekologicznej „Cudowna Planeta”.
W roku szkolnym 1995/1996 po raz pierwszy zaczął obowiązywać Statut Szkoły.
Pani M. Garstka opracowała autorski program ekologiczny, który został wpisany do rejestru innowacji.